Après la fin de la guerre hispano-américaine, l'Espagne a cédé les Philippines aux États-Unis dans le cadre de l'accord de paix conclu lors du traité de Paris (1898). Cela a déclenché un nouveau conflit entre les forces armées des États-Unis et la Première République des Philippines sous le président Emilio Aguinaldo.

Pendant cette guerre américano-philippine, entachée de massacres et d'exactions contre des populations civiles, sous les ordres du général Jacob H. Smith , surnommé Hell-Raising (« Le diabolique »), futur criminel de guerre et déjà formé dans des expéditions génocidaires contre les amérindiens d’Amérique du Nord, les forces américaines ont tué entre 2 500 et 50 000 civils. Des villages furent rasés et leurs habitants massacrés. Des soldats américains appelèrent la guerre américano-philippine, la guerre indienne et qualifièrent les Philippins de « nègres », de « sauvages vicieux » ou encore de « gugus traîtres » (ou « goo-goos » - terme péjoratif qui refera notamment surface lors de la Guerre du Vietnam sous la forme de « gook »). Un soldat américain déclara que « le pays ne sera pacifié que lorsque ces nègres seront tués comme les Indiens ».

Un officier américain déclara à un journaliste du Public Ledger: « Inutile de mâcher ses mots. On a exterminé les Indiens d'Amérique, et je crois que la plupart d'entre nous en sont fiers, ou du moins, pensent que la fin justifie les moyens ; et nous ne devons avoir aucun scrupule quant à l'extermination de cette autre race qui se met en travers du chemin du progrès des lumières ».

Le général Jacob H. Smith ordonna le massacre des habitants de l’île de Samar, avec son ordre célèbre : « Kill Every One Over Ten » (Tuez tous ceux de plus de 10 ans). Il déclara ainsi : « Je ne veux aucun prisonnier. Je veux vous voir tuer et brûler, plus vous tuerez et brûlerez et plus je serai satisfait. Je veux que soit tuée tout personne en mesure de porter les armes dans les combats actuels contre les États-Unis ». La cruauté de Smith durant cette campagne a finalement abouti à un passage en cour martiale ou il sera contraint à la retraite forcée.

Durant la rébellion des Moros, les troupes américaines ont abattu des centaines de Moro musulmans notamment des femmes et des enfants.